lunes, 24 de agosto de 2015

Estructura cuaternaria, la hemoglobina.

La hemoglobina es una proteína que tiene una estructura tridimensional similar a la mioglobina (8 tramos de hélice alfa). 2 cadenas alfa (alfa1 y alfa2) y 2 cadenas beta (beta1 y beta2) que se encuentran formando dímeros alfabeta (alfa1beta1 y alfa2beta2). Interacciones Van der Waals, carga-carga, enlaces de H. Interacciones entre alfa1 y beta1 son más intensas que alfa1 y alfa 2 y viceversa.
*Hay que tener en cuenta que la estructura cuaternaria es que está formada por varias cadenas, no que sean 4 las cadenas.
Cómo se libera el O2 frente a la demanda es la principal diferencia con la mioglobina.
Transporta O2 transitando entre los alveolos y los capilares (100mHg de presión en alveolos y 30 en los capilares). Parte de su función es capturar el CO2, que es un producto de desecho catabólico, y volviendo por el torrente venoso hasta los alveolos, lo expulsa.
¿Qué sucedería si la hemoglobina siguiese el mismo patrón de unión al O2 que la mioglobina?
Si fuese como la mioglobina que se satura de O2 en los alveolos pero cuando llega a los capilares, sigue saturada en los capilares y no podría en los capilares liberar.
Si liberase muy bien en los capilares, no cogería bien en los alveolos.
Así, se necesita que coja muy bien en los alveolos pero que luego lo suelte y así tenga un comportamiento sigmoideo (el anterior era un comportamiento hiperbólico). La hemoglobina cambia su ubicación y así cambia su afinidad.
A la desoxihemoglobina  también se la conoce como “estado tenso”, por la histidina F8 y la valina que empujan. Cuando llega el O2, tiene que pelear por introducirse y al empujar se solapan los radios de van der Waals y los de la valina y la histadina con los del grupo hemo, por lo que estos se dejan de solapar y se desplazan. Este estado final en el que la histadina y la valina no empujan, se llama estado relajado (oxihemoglobina)
En la mioglobina no hay comunicación entre las cadenas, pero si en la hemoglobina.

Cuando consigue el primer O2 meterse en el grupo hemo y al desplazar estos residuos que forman parte de estructuras secundarias de la cadena, se desplaza así la estructura secundaria de la que forman parte y así también desplaza la estructura terciaria. Al hacer esto, se aplanan los demás grupos hemos y los siguientes O2 se añaden más fácilmente. Es la estructura cuaternaria, esa comunicación entre las cadenas, la que permite hacer eso, y por eso la mioglobina no puede. Como hay cuatro cadenas, la hemoglobina puede llegar 4 moléculas de O2.

La unión de los primeros O2 a cada molécula de Hemoglobina provoca un aumento de afinidad de ésta por el gas. Cada vez hay más afinidad por el O2. Se pasa de un estado de baja afinidad a uno de alta afinidad. Cooperatividad- Unión Alostérica.

La n recibe el nombre de Coeficiente de Hill y mide cierto grado de la cooperatividad de la proteína.

ϴ

La n puede alcanzar un valor máximo de 4 dado que cuatro son las moléculas de O2 a la molécula de Hemoglobina y tiene un valor mínimo de 1. Si n es igual a 1, la curva de unión de la mioglobina al O2 sería la misma que la de la hemoglobina. Así, nos estaría diciendo que esa estructura es totalmente ineficaz y que cada cadena actúa independiente a las otras. En humanos, es alrededor a 3,5  por lo que es muy eficaz.
Transmisión de dichos cambios a la estructura cuaternaria. Rotación de 15º de un dímero alfabeta a otro igual. Así, hay un estrechamiento de la cavidad central y una ruptura de interacciones entre elementos de distintas cadenas.

La unión de otros ligandos a la hemoglobina.

Los protones tienen una doble fuente: la generación de CO2 como producto de desecho metabólico y la unión de CO2 a la hemoglobina.

CO2 + H2O < -- > H2CO3 +H20 < -- > HCO3 -   +   H2O+

En capilares desciende el pH y en el torrente, debido a este proceso, se acidifica. Mientras se liberan los protones y se unen a la hemoglobina, se cambian las cargas de la hemoglobina. Según varía el pH, al generarse CO2, los protones se unen a la hemoglobina y cambian todo el set de interacciones. Así, las interacciones estabilizan el estado desoxi.

*Los residuos solo se protonan de manera estable si la estructura es desoxi, que es baja afinidad de O2 y liberamos O2.

Así, una caída del pH en los capilares tiene como consecuencia la reducción de la afinidad de la hemoglobina por el oxígeno, lo cual permite una liberación aún más eficaz de las últimas trazas de oxígeno. Esta respuesta de la hemoglobina al cambio de pH es el efecto Bohr.

La liberación del CO2 por parte de los tejidos que respiran reduce la afinidad de la hemoglobina  por el oxígeno de dos formas. En primer lugar, parte se convierte en bicarbonato, liberando protones que contribuyen al efecto Bohr. Parte de ese bicarbonato se transporta fuera de los eritrocitos y se lleva disuelto en el suero sanguíneo. Una parte reacciona directamente con la hemoglobina uniéndose a los grupos amino N-terminales de las cadenas para formar carbamatos.

-NH3+  +  BCO3-  < -- > -NH-COO-  + H+ + H2O.

Esta reacción de carbamatos permite a la hemoglobina facilitar el transporte del CO2 desde los tejidos a los pulmones o las branquias.

Hb·4O2 + nH+ < -- > Hb·nH+  + 4 O2

Esta reacción tiene dos consecuencias fisiológicas. En primer lugar, en los capilares, los iones hidrógeno activan la liberación del O2 al llevar la reacción hacia la derecha. Posteriormente, la oxidación en los alveolos tiene como efecto la liberación de H+ mediante un desplazamiento del equilibrio hacia la izquierda. Esto tiende a su vez a liberar CO2 del bicarbonato disuelto en la sangre mediante la inversión de la reacción del bicarbonato. El CO2 queda libre para espirarse.

· En los alveolos, llega la hemoglobina cargada de CO2, con baja afinidad pero en los alveolos hay una presión de 100mHg y desplaza mucho el equilibrio hacia la izquierda, al estado oxi, y al subir mucho la cantidad de protones, el equilibrio anterior de desplaza mucho a la izquierda.


A mayor P50 (concentración de O2 necesaria para que la mitad de tus moléculas estén unidas a O2), menor afinidad por el O2


El bifosfoglicerato también es un ligando que regula la afinidad de la hemoglobina por el O2 e interviene en la adaptación a cambios de altura. El PPG se une al estado desoxi y lo estabiliza. En el estado oxi no cabe, pero sí en el desoxi y lo estabiliza al no dejar que pase al estado oxi.

Estructura cuaternaria, introducción y la mioglobina

Los distintos tramos de estructuras secundarias se juntan para dar las terciarias que permite tener en su interior una molécula que, como en la hemoglobina, permite transportar el oxígeno. La razón de que las proteínas formen estructuras cuaternarias o no es debido a una función precisa de esta.

  • Mioglobina: destinada al almacenamiento de oxígeno y difusión en tejido muscular.
  • Hemoglobina: destinada al transporte de oxígeno y CO2 a través del torrente sanguíneo.

Estas dos proteínas son necesarias porque el oxígeno es apolar y tiene una solubilidad muy baja en el torrente sanguíneo y por ello se facilita el transporte de este oxígeno. Sería necesario sino bombear una cantidad demasiado elevada de sangre para transportar la cantidad necesaria de O2.  Ambas requieren oxígeno, pero de forma distinta. El oxígeno lo necesita para el catabolismo, que es oxidativo. 
Se logra mayor aporte de oxígeno a los tejidos si este viaja unido a una proteína que resulta soluble en agua o que puede ser almacenada en el interior de células especializadas. La hemoglobina no viaja libre en la sangre sino que se encuentra en el interior de los eritrocitos. 
La mioglobina y la hemoglobina son paradigmáticas en el estudio de unión de ligandos a proteínas. En ambos casos se trata de dominios α con un grupo hemo en el interior. 
Los requisitos que tienen que tener las proteínas que  deben unir oxígeno como parte de su función:

   1. Ser capaces de unir oxígeno. 
   2. Que dicho oxígeno no oxide a ningún elemento, que no reaccionen    con el O2 y entonces se reduciría a agua. 
   3. Que se libere oxígeno en función de la demanda. 
Los mamíferos no podemos fijar el CO2 sino que es un desecho metabólico y tiene que salir en la espiración.El O2 se une a los grupos hemos y el CO2 a los extremos terminales.

MioglobinaProteína globular que une O2 para almacenarlo y difusión en tejido muscular (hace la fermentación cuando se hace deporte y se acaba el aporte de oxígeno). El oxígeno se difunde a través de células musculares. Se usa en momentos de alto requerimiento energético. Esto es muy importante en mamíferos acuáticos sobretodo en cachalotes. 
La Mioglobina está caracterizada por la presencia de 8 tramos de héliceα, cuentan con 153 aminoácidos. 
La mioglobina no es capaz de unir de por sí solas oxígeno. Y por ello requiere de metales con bajo estado de oxidación (Fe2+) al que se une de manera no covalente, un anillo porfirina protoporfirina IX. Este complejo es el grupo hemo. La presencia del grupo hemo le permite crear un entorno hidrofóbico que permite unir dicho grupo con el ion ferroso al impedir la transferencia de electrones. Además, también impide que no se produzcan reacciones redox entre el ion ferroso y el oxígeno.
  • Anillo de porfirina protoporfirina IX. Es un anillo tetrapirrótico presente también en los citocromos. 
  • Fe2+: es un metal de geometría octaédrica, que requiere de seis ligandos para ser estable mediante enlace covalente dativo. Cuatro ligandos los aporta el N de los anillos de la estructura de porfirina IX. El quinto lo constituye el Oxígeno y el sexto ligando lo aporta la cadena lateral de una histidina, concretamente la histidina 93 o F8 o proximal. 
  • O2: se encuentra  situado entre el Fe (II) y otra histidina (his 64 o histidinaE7 o distal).
El grupo hemo se encuentra estabilizado por medio de interacciones de tipo Van der Walls con varios residuos (histidinaF8 o proximal, Valina E11 y la histidina E7 o distal) 
El grupo hemo no impide la reacción entre el Fe y el O2 completamente. Si en un vaso de precipitados con agua se añaden virutas de hierro y se bombea O2, el hierro pasa de Fe2+ a Fe3+. Si al vaso se le añade protoporfirina, esto sigue ocurriendo, pero más lentamente. Cuando pasa esto, se forma la metamioglobina o metahemoglobina. Estas moléculas ya no resultan útiles, por lo que hay que degradar las proteínas en el proteosoma. Inactivación irreversible. 
* La forma de unirse el O2 con la molécula, es igual en la mioglobina y la hemoglobina. Importancia en mamíferos terrestresLos ratones  knock out son los que carecen del gen de la hemoglobina. Los músculos de los que tienen el gen de la hemoglobina son  más rosados. Sin embargo, estos ratones no tienen ningún defecto estructural. Tienen el mismo rendimiento que los ratones que sí poseen el gen de la hemoglobina. 
Para entender como una proteína como la hemoglobina y la mioglobina se une al oxígeno y lo libera en función de la demanda.
Ley de Henry dice que la unión del oxígeno a la mioglobina provoca cambios en el patrón de absorbancia visible. Para ello, estudiamos el equilibrio entre la mioglobina libre y la mioglobina unida al oxígeno, ya que las absorbancias son distintas.
Se trata de un equilibrio químico: Mb +  O2 <-->  MbO2  que viene caracterizado por una constante de equilibrio; 

**NOTA! Mb+ O2(no unido a oxigeno) se llama desoximioglobina y MbO2  (unidos) se llama oximioglobina (igual con hemoglogina). 
Además se creó el concepto de ϴ (teta) lugares ocupados frente al número de lugares totales. Que es lo mismo a la relación entre los lugares unidos a oxígeno frente al número de moléculas totales de mioglobina. 

Cada molécula de mioglobina tiene sólo un lugar, por lo que el número total de lugares potencialmente disponibles es proporcional a la concentración molar total de la mioglobina. En consecuencia: 
Se ha utilizado [MbO2]= K [Mb][O2] de la ecuación de la K para obtener la expresión de la derecha. La concentración de Mb sin O2 unido puede tomarse como factor común en el numerador y el denominador y al eliminarse se obtiene: 
1/k es la concentración de oxígeno necesaria para que ϴ sea 0,5, lo que significaría que tenemos la mitad de Mb unidas a oxígeno. Se puede comprobar esto estableciendo ϴ = ½. Dado que la concentración de oxígeno es proporcional a la presión parcial de oxígeno, la ecuación se puede formular: 
ϴ=  
(PO2: presión de oxígeno) (P50: Concentración de O2 necesaria para que la mitad de tus moléculas estén unidas a O2)
Si PO2 es casi 0, ϴ = 0 y se aproxima a 1 cuando PO2 se hace grande.Cuanto más baja es ϴ o menor es la P50, mayor afinidad por el O2.

La estructura terciaria: proteínas globulares

Constituyen la inmensa mayoría de proteínas de un organismo. Por ello tienen una variedad de funciones. Tienen unas estructuras terciarias compactas. Se conocen la estructura terciaria de unas 80 000 proteínas. Cada proteína posee una estructura terciaria que le es única. No obstante, las proteínas globulares se organizan en torno a motivos espaciales comunes.
La mayoría de proteínas globulares poseen tanto hélices alfa como láminas beta, aunque en proporciones diferentes.
La situación de los residuos de aa en función de polaridad de sus cadenas laterales. Los aminoácidos no polares tienden a ocupar el interior de la estructura. Los aa con carga tienden a ocupar la superficie de la estructura. Si se sitúan en el interior poseen una función específica (catálisis unión de un ión…). Los aa polares (sin carga) tienden a ocupar la superficie de las proteínas aunque puedan situarse en el interior gracias a estabilizaciones  por medio de puentes de H.
Las proteínas globulares mayores están constituidas por varias regiones que aparecen plegarse de manera independiente entre sí. Cada una de estas regiones se denomina dominio. Los dominios son los distintos tramos de estructura terciaria distinguibles unos de otros dentro de una misma proteína. Cada dominio posee una misión específica dentro de la función global de la proteína.  Las proteínas globulares pequeñas solo cuentan con un dominio como la mioglobina.
Cuando tenemos unas proteínas de un tamaño pequeño, la estructura terciaria se ve como un conjunto, como un todo. Sin embargo, cuando es mayor se ve que se pliega en su estructura terciaria como en dos estructuras independientes, por lo que entonces no es un todo, sino que se divide en tramos de plegamiento de estructura terciaria.
Los dominios de una proteína se organizan en torno a lo que se conoce como motivos estructurales o estructuras supersecundaria, que son maneras de combinar estructuras secundarias.
  • Motivoβαβ: Beta-hebra unida por un asa a una alfa-hélice que esta a su vez unida a otra Beta-hebra por otro lazo
  • Horquillaβ: tres tramos de lámina β antiparalelos
  • Motivoαα: dos hélices alfa unidas por una asa
  • Clave griega: son cuatro tramos de lámina beta
La estructura terciaria es tomar distintas estructuras supersecundarias y combinarlas. Hay un número limitado de motivos espaciales. En función de lo que quiero se cogen distintos motivos y se combinan.
Todas las proteínas se organizan en torno a unos motivos estructurales comunes. Las combinaciones de los 20 aminoácidos proteinogénicos para generar secuencias primarias son prácticamente infinitas. Sin embargo, los cálculos teóricos han determinado que tan sólo podrían darse en la Naturaleza unos 8,000 plegamientos. Se han detectado 1,200 plegamientos y de ellos, la mitad de las proteínas cuya estructura ha sido establecida poseen sólo 20 plegamientos distintos.
Estructuras terciarias muy definidas y que se dan parecidos en diferentes proteínas, pueden hacer funciones muy distintas, esto se da porque lo importante está en otras zonas de estructura menos definida que es la responsable de la función.
La carboxipeptidasa A se dedica a hidrolizar enlaces peptídicos. La tiorrodoxina interviene en la transmisión del impulso nervioso.
Los dominios de las proteínas pueden clasificarse en:
1. Dominios alfa
2. Dominios beta
3. Dominios alfa/beta

Los dominios alfa

a. Plegamiento de tipo globina: como la mioglobina. Tienen 8 tramos de héliceα. Las globinas son proteínas dedicadas al transporte de oxígeno.

b. Ramillete 4 hélicesα: son 2α-α estructuras unidas entre sí. Como el citocromo b562 que forma parte de la cadena respiratoria transportando electrones. Y la hormona del crecimiento que envía señales para dividir la célula. Induce la expresión de los genes. Las conexiones con las hélices son distintas.

Los dominios beta

· Sandwich beta: está formado por una clave griega y horquillas beta. Consta de 4 láminas beta frente a tres formando un sandwich. Son características de inmunoglobulinas.
· Barrilβ: estructura cilíndrica con láminasβ. Pueden ser: -up and downβ-barrel: como una proteína de unión al retinol que participa en la transmisión del impulso nervioso. Cuando le llega luz cambia de conformación, le produce diversos cambios y transmite el impulso.
· Barriles doble clave griega: es cilíndrico. El primer tramo está entre el 2º y el 4º. Tiene estructura repetida. 8 tramos. Es característico de la cristalina y tiene loops que conectan por encima y por debajo. Tiene dos claves griegas.

· Barril rollo suizo. Es característico de amidasa que rompe aminas. Es parecido a la doble clave griega pero aquí los 8 tramos están conectados de manera diferente. No es como la clave griega porque aunque la dos se dobla sobre la uno, la siete se dobla sobre la dos, en vez de la tres.


Dominios α/β:


· Barriles α/β: estructura βαβ repetidamente. Cada lámina β está conectado al siguiente con una hélice α. Las láminas β están en el interior y las α en el exterior. Por ejemplo al triosa fosfato isomerasa.

· Láminas β abiertas: las láminas β están aplastadas en el interior por ejemplo la carboxipeptidasa. Es como una sábana central de láminas betas como aplastadas y en los exteriores las hélices alfa.


Proteínas con homologías de secuencia poseen motivos comunes. Hay proteínas relacionaras evolutivamente se parecen.

La estructura terciaria: proteínas fibrosas

Queratinas

Hay dos tipos: alfa y beta queratinas.
Las alfas queratinas: pelo, uñas y piel de organismo animales. Son unas proteínas filamentosas intermedias que desempeñan funciones estructurales importantes en los núcleos, los citoplasmas y las superficies de muchas células.
Tiene la estructura de un alfa-hélice (como todas las proteínas filamentosas intermedias) y está formada por monómeros de más de 300 aminoácidos que se enrollan en sentido levógiro formando dímeros. Los dímeros se asocian para forman protofilamentos y estos se asocian para protofibrillas y estás forman microfilamentos.
La asociación entre dos hélicesα se produce gracias a una secuencia repetitiva. Cada 4 residuos hallamos un residuo hidrofóbico (unión dipolo inducido-dipolo inducido). La héliceα se caracteriza por 3,6 residuos por vuelta. Las asociaciones en el resto de niveles no están del todo claro. Se piensa que los distintos entrecruzamientos en distintas cadenas se produce por medio de enlaces disulfuro gracias a la presencia de la rigidez de la cisteína.  Por lo que la queratina de las uñas tienen más entrecruzamientos que la queratina de los pelos
Las β queratinas predominan en las hélices β.

Fibroína.

La fibroína destaca en la seda. Son láminas β antiparalelas que se sitúan a lo largo del eje de las fibras. Esto se debe a la repetición de glicina-alanina. Las diferentes láminas encajan entre sí. Los otros aminoácidos se insertan cuando se quiere modular las propiedades de la proteína. Cuanto más regularidad, mayor rigidez de la estructura.  Así obtenemos una mínima extensión/máxima flexión. Los residuos más voluminosos pueden alterar la regularidad.

Colágeno

Es la proteína más abundante en los organismos animales y se encuentra principalmente en huesos, tendones, piel… Su unidad básica es el tropocolágeno que son tres hélices de colágenos con más de 1000 residuos cada una. Estás hélices son levógiras con 3,3 residuos por vuelta. Cada hélice levógira se enrolla sobre las otras dos en sentido dextrógiro, lo que le confiere una fuerza mayor (como hacemos con las cuerdas) La asociación entre una cadena con las otras dos se establece mediante enlaces de hidrógeno de prolinas que están hidroxiladas (hidroxiprolina).
La secuencia de colágeno general es glicina-X-Y (normalmente, estas son; Glicina, X=Prolina, Y=Prolina ó OH-Prolina ó OH-Lisina)
Las moléculas de tropocolágeno se asocian entre sí para formar una fibra de colágeno que proporciona gran resistencia. Para ello, se cruzan 4 lisinas a las que se le han quitado el grupo NH3 y se ha reemplazado por un OH. Entonces se forma la alisina (lisina hidroxilada). Dos alisinas se juntan para formar una lisina aldol que se entrecruza con la histidina de otro tropocolágeno y se genera una aldohistidina. El siguiente entrecruzamiento es por medio de una hidroxilisina para producir una desmosina. Cuantas más desmosinas, más resistencia tiene el material.
El RNAm que codifica para el procolágeno que al traducirse se van generando las distintas hélices que se van hidroxilando de manera prostraduccional y además se van o-glicosilando. A parte están las lisinas glicosiladas y en ese momento se forma la triple hélice y secreta al exterior. Se escinden ambos extremos (C-terminal  y N-terminal que se degrada) de cada una de las hélices y entonces se unen ya por medio de enlaces de tipo desmosina.
La síntesis de hebra de procolágeno tiene más de 15000 residuos. En ocasiones se añaden azúcares (galactosa y glucosa).

Elastina


La elastina es la antítesis del colágeno que da resistencia pero al mismo tiempo una gran flexibilidad. Por eso es muy abundante en los tendones, ligamentos y vasos arteriales. Secuencia: Gly, Ala y Val. Esa propiedad de flexibilidad se debe a que no tiene prácticamente una estructura secundaria. Cualquier estruct secundaria definida lo es porque se van repitiendo una serie de ángulos fi y si. En la elastina no hay una regulación de ángulos fi y si. Se conectan unas con otras por uniones de tipo desmosina, lo que hace que además sean muy resistentes. Hay una presencia de lisina que realizan entrecruzamientos similares a los de colágeno. Se conectan cuatros cadenas de lisina (3 en forma de alilisinas y una en lisina.)

La estructura secundaria de las proteínas: la lámina beta

Su principal características es la presencia de al menos dos tramos. Toda la estructura se mantiene estable gracias a los enlaces de H que se establecen entre los grupos aceptores y donadores de las distintas cadenas.
Los enlaces peptídicos de cada una de las cadenas se van situando en sucesivos planos oblicuos unos con respecto a otros. Las cadenas laterales de residuos de aminoácidos quedan perpendiculares a los vértices de la unión de los distintos planos oblicuos. Es una estructura característica de aminoácidos como glicina, tirosina y serina.  No tiene polaridad.
Según la orientación respectiva de las cadenas peptídica podemos encontrar lámina geta antiparalelas, paralelas o mixtas. En la antiparalela el sentido de las cadena peptídicas es opuesto (extremo N-t de una cadena se enfrenta al extremo C-t de la otra). En la paralela el sentido d las cadenas peptídicas es el mismo (extremo N-t se enfrenta al extremo N-t de la otra.). Cuando se asocian varias cadenas por medio de lámina beta podemos encontrar estructuras mixtas.
De las dos posibilidades, la más estable es la lámina β antiparalela porque se maximizan el número y la estabilidad de los enlaces de H. Al asociarse varias cadenas por medio de láminas β, podemos encontrar estructuras mixtas.
La lámina beta es una estructura apolar dado que el vector dipolar va cambiando a direcciones opuestas y se anulan.
Las distintas láminas-β no son estructuras completamente rígidas. Existe un cierto grado de torsión, de manera que parece que el conjunto de la estructura va rotando en sentido dextrógiro.
Los diferentes tramos de estructura secundaria se pliegan unos sobre otros para originar la estructura terciaria de una proteína. La estructura terciaria es la que otorga la función a la proteína.
El plegamiento de una estructura secundaria sobre otra estará causado en buena medida por la naturaleza de las cadenas laterales presentes en cada tramo.
· Giros: tramos de conexión entre estructuras secundarias con tamaño pequeño con estructura determinada
· Loops: tramos de conexión entre estructuras secundarias con tamaño grande sin estructura determinada.
Los loops tienen una estructura mucho mayor y al azar dado que no hay elementos que la organicen. En los anticuerpos, las inmunoglobulinas, donde está el antígeno es una zona de loops. Si fuese muy definida, se reduciría la variabilidad a la hora de reconocer antígenos.
Giros β: Es una estructura que se establece entre enlaces de hidrógeno entre el aa 1 y el aa4. Hay tipo 1 y 2. El tipo 1 y el 2 difieren la orientación del enlace peptídico entre el residuo 2 y 3.
· Tipo 1: deja las cadenas laterales en el mismo lado del plano. El O2 está en el mismo lado que las cadenas laterales.
· Tipo 2: deja las cadenas laterales en distintos planos. El O2 está en el lado de la cadena lateral del residuo 3. En este residuo suele haber una glicina, esto se debe a que no pueden colisionar el O y los radio de Van der Waals de la lateral.

Giros γ: Los gamma sólo necesitan 3 residuos aa para cambiar la dirección de la proteína. El residuo 1 es el aceptor y el 3 el donador. En el segundo residuo se sitúa una prolina, que es la que hace que haya un giro gamma.