domingo, 7 de febrero de 2016

Mecanismos de regulación metabólica

Resulta esencial para el correcto equilibrio de unas rutas metabólicas con otras en los diversos órganos y que se mantenga una correcta homeostasis del organismo que cada ruta pueda controlarse debidamente.
Si las rutas no se regularan de manera fina se desembocaría en una situación de ciclo inútil cuyo resultado neto es el consumo ineficiente de ATP sin generar ningún trabajo metabólico.

La célula (y el organismo entero) resuelve esta situación controlando algunos de los pasos críticos de cada ruta metabólica estableciendo lo que se conoce como ciclo de sustrato

Por tanto, sólo se controla la actividad de aquellas enzima que actúan lejos del equilibrio y que proporcionan una AG<0 al conjunto de la ruta.

¿Qué mecanismos se emplean para controla la actividad de la rutas metabólicas y el flujo de los metabolitos de unos tejidos y órganos a otros?

Existen varios mecanismos que actúa a varios niveles.
o   Compartimentación
o   Modulación por medio de ligandos (Concentración de sustrato y alosterismo).
o   Modificación de la enzima
o   Concentración enzimática
o   Acción hormonal

Los anteriores mecanismos se interrelacionan unos con otros para actuar de manera jerárquica a la hora de controlar la acción enzimática

Compartimentación

Las enzimas que participan en una misma ruta se encuentran en un mismo compartimento celular (célula eucariota) o agrupadas muy próximamente entre sí (célula procariota).
Parte esencial de la compartimentalización se basa en la permeabilidad selectiva de las membranas a los distintos metabolitos.
Los productos intermediarios de una ruta suelen quedar “encerrados” en el orgánulo en el que está teniendo lugar la ruta.
Transportadores de membrana permiten en dicho orgánulo la entrada y salida de sustratos iniciales y de productos finales.
*El receptor de insulina reside en la membrana. La insulina llega al receptor y la unión lleva una cascada de señales que transporta del transportador de glucosa hasta la membrana plasmática y ya puede entrar.
Primer paso de la glucólisis es el paso de glucosa a glucosa 6 P es para adquirir reactividad y porque al introducir carga a una molécula hace que no pueda escapar de la célula (aunque hay que asegurar que no haya transportadores).
Dentro de un mismo orgánulo, las enzimas de una misma ruta pueden asociarse unas con otras para formar complejos multienzimáticos.
Se producen interacciones estables (por enlaces covalentes. Por ejemplo: piruvato deshidrogenasa tiene 3 enzimas unidas covalentemente) como no estables (no covalentes, glucólisis)
Complejos multienzimáticos se unen a los elementos estructurales de la micromatriz celular.

Acción de ligandos y alosterismo

La acción de aquellos ligandos que pueden modificar la actividad de las enzimas se dividen en: feedback a nivel de sustrato y control por feedback (alosterismo)

A nivel de sustrato

Aunque a la hora de determinar la ecuación de Michaelis-Mentel empleábamos al modelo cinético:
E + S ßàES à E + P
En realidad, las enzimas funcionan más bien siguiendo el siguiente modelo
E + S ßàES ßàEPàE + P
En este sentido, sustratos y productos compiten para unirse al bolsillo catalítico, gana el que tiene más.
Las enzimas con acciones irreversibles son las que tienen una acción regulada. Hay una competición entre el sustrato y el producto por unirse al bolsillo catalítico de la enzima, pero si está unido el producto, no hay velocidad catalítica porque la enzima no puede actuar. Si hay mucho sustrato, es el sustrato el que se une y el producto lucha por unirse y así se regula.
Además tiene que haber una similitud estructural del producto y del sustrato porque si no la unión del producto y la enzima no  sería estable.
Los sustratos ejercerían un papel de activadores y los productos de inhibidores
Generalmente, los sustratos suelen mantener sus concentraciones intercelulares en el rango Km.
Así, ligeros cambios en la concentración de sustratos o de productos provocarán cambios importantes en la velocidad de catálisis de la enzima (activación o inhibición respectivamente).

Alosterismo

En muchos casos es necesario un control mucho más fino de las rutas que el ofrecido por control a nivel a sustratos.
El término alostérico procede de las palabras griegas que significan otra estructura, resaltando que las estructuras de los reguladores no tienen que parecerse al sustrato o al producto directo.
Por ejemplo:

Si actúa la G, como ya hay, y es producto, se une a la enzima e inhibe su ruta en (CàD) y viceversa.
El efecto del alosterismo dependerá de si la regulación actúa a distancia o no y de si la ruta es lineal o ramificada.
 (la enzima es la PFK-1)
El ATP funciona aquí como inhibidor porque se recurre al alosterismo. El ATP funciona como sustrato y además como regulador alostérico. Como sustrato debe activarlo pero como regulador, debe inhibirlo. Cuando el ATP se une al bolsillo catalítico funciona como sustrato y lo activa; pero cuando se une a las subunidades reguladoras, funciona como regulador alostérico e inhibe. No se une a las dos a la vez y se tiene mayor afinidad a la subunidad catalítica y funciona como sustrato y cataliza la transformación. Cuando la ruta vaya cumpliendo su objetivo y se forme ATP, se empezará a unir a la subunidad reguladora y actuará como inhibidor.   Además, cuando se une en la reguladora, bajará su afinidad por la catalítica y así se separará de esas subunidades.

Homoalosterismo: el modulador es el propio sustrato. El sustrato y el producto no sólo se unen a las cadenas catalíticas, también se pueden unir a las subunidades reguladoras. Si funcionan como inhibidores catalíticos.
Los principios por los que funciona este mecanismo de regulación son los mismos que los estudiados por la hemoglobina: unión de una molécula de sustrato a una de las subunidades provoca cambios en la estructura cuaternaria de la enzima que desembocan un aumento de la afinidad del resto de subunidades por el sustrato.
Una cinética de V frente a [S] de tipo hiperbólico, se corresponde con una unión no cooperativa; mientras que una de tipo sigmoideo se corresponde con una unión cooperativa.
Al pasar de estado T (baja afinidad por el sustrato) al estado R (alta afinidad por el sustrato) disminuye Km.
Función fisiológica:
En este sentido, el homoalosterismo permite una regulación más fina a nivel de sustrato.
Con respecto al heteroalosterismo, la unión de efectores (distintos al sustrato) en puntos concretos de la enzima provocarán un desplazamiento en el equilibrio entre las formas T y R de ésta.
Los activadores desplazarán el equilibrio hacia R, mientras que los inhibidores la desplazan hacia la forma T
Aspartato carbamoiltransferasa: Interviene en la síntesis de pirimidinas. Es heteroalosterismo retrógrado.
              
Es activada por la presencia de purinas e inhibida por la de pirimidinas. La aspartato carbamoiltransferasa consta de 6 subunidades catalíticas (agrupadas en 2 grupos de 3 subunidades) y 6 subunidades reguladoras (agrupadas en 3 dímeros).

·       A cada subunidad catalítica se le unen 1 molécula de aspartato y 1 de carbamoilfosfato.
·       A cada subunidad reguladora se le unen indistintamente 1 molécula de ATP o 1 de CTP. Existe una unión competitiva.
     

Modificación de la enzima


Al contrario que en el caso anterior (en el que se modifica la estructura de la enzima por la unión reversible de varios tipos de ligandos) en este caso la enzima sufre una modificación covalente.

Existen varios tipos de modificaciones covalente de las enzimas pero las más comunes en términos de enzimas metabólicas son: la fosforilación, la adenililación y la ADP-­‐ribosilación.

Estas modificaciones enzimáticas están, a su vez, catalizadas por otras enzimas (p. Ejplo. las fosforilaciones están catalizadas por enzimas denominadas quinasas).

Estas  modificaciones  resultan  irreversibles  a  menos  que  otra  enzima  catalice  la eliminación del grupo químico añadido (p. Ejplo. las fosfatasas revierten la acción de las quinasas al eliminar el grupo fosfato añadido al enzima).



Este mecanismo de regulación se asocia a cascadas reguladoras en las que se produce una amplificación exponencial de la señal inicial (sea activadora o inhibidora).

Concentración enzimática

El control de los niveles de enzima presente en la célula tiene que ver con la maquinaria de expresión génica y con la de degradación proteica.

El primer ejemplo de regulación de la expresión génica estudiado con detenimiento fue el del operon lac. El operon lac constituye el sistema que incluye al conjunto de genes encargados de regular la expresión de los genes que metabolizarán la lactosa más estos últimos genes.

El operon lac está constituido por los siguientes elementos:
·       Genes estructurales: Son el lac Z (que codifica para la β-­‐galactosidasa, codifica para la unión de la galactosa y la glucosa), el lac Y (que codifica para una galactósido permeasa) y el lac A (que codifica para una Nogalactósido transferasa).
·       Promotor: Secuencia de DNA de reconocimiento y unión por la RNA polimerasa, la polimerasa encargada de transcribir los anteriores genes.
·       Operador: Secuencia de unión de  una proteína represosa Lac I.

·       Gen represor (lac I): Secuencia que codifica para el represor Lac I, el cual, en ausencia de lactosa se une a la región operadora impidiendo que la RNA polimerasa transcriba los genes estructurales necesarios para metabolizar la lactosa

Acción hormonal

La acción hormonal es, jerárquicamente, el mecanismo de mayor importancia puesto que:
a) Interrelaciona unos órganos con otros,
b) Inicia en numerosas ocasiones los procesos de expresión genética
c) Desencadena procesos de modificación enzimática.

La célula ha de ser sensible a los mensajes procedentes de otros tejidos y órganos. Hay células diana con receptor específico y las que no las tengan serán insensibles a la presencia de la hormona.
El proceso de transmisión de estos mensajes y la realización de los procesos metabólicos recibe el nombre de transducción de señales.
Existen mensajeros extracelulares de muy diversa naturaleza (factores de crecimiento, neurotransmisores (mensajeros del sistema nervioso), hormonas (fabricados por órganos especializados)…).
Las hormonas son sustancias químicas señalizadoras producidas por células especializadas y que son vertidas al medio extracelular para que puedan ejercer su acción localmente o a distancia.
Las hormonas endocrinas son aquellas que tras haber sido sintetizadas por las células especializadas de un órgano determinado, son vertidas al torrente sanguíneo para actuar en otros órganos, a distancia.
Las hormonas exocrinas (o tisulares) son aquellas no son vertidas a la sangre sino que son vertidas al ambiente extracelular y actúan de manera relativamente local (respuesta paracrina).
Existen también hormonas cuya acción es ejercida sobre la propia célula que la ha sintetizado y vertido (respuesta autocrina).
Existen hormonas endocrinas cuya acción puede llevarse a nivel endocrino (a distancia) y al mismo tiempo a nivel paracrino.
Las hormonas también se pueden clasificar en función de su naturaleza química. Bajo este criterio encontramos hormonas lipófilas y hormonas hidrófilas.
Este último criterio de clasificación no sólo refleja la naturaleza química de las hormonas sino también su mecanismo de acción.
Las hormonas lipófilas (esteroides, ác. retinoico…) son moléculas de bajo peso molecular (300 a 800 Da) con escasa solubilidad en el medio acuoso. No son almacenadas sino que nada más ser sintetizadas son secretadas al torrente sanguíneo, a través del cual viajan asociadas a proteínas transportadoras. Actúan sobre receptores intracelulares, sobre todo a nivel de transcripción.

Acción de las hormonas lipófilas


Las hormonas hidrófilas (insulina, glucagón, adrenalina…) son aquellas que derivan de aminoácidos, péptidos o proteínas. Poseen pesos moleculares variables y pueden ser almacenadas por las glándulas endocrinas hasta ser secretadas al torrente sanguíneo en el momento en el que se requiera su acción. Debido a su naturaleza hidrófila, no requieren de la asociación con proteínas transportadoras para viajar por el torrente sanguíneo.
Estas hormonas actúan por medio de segundos mensajeros. La hormona (el primer mensajero)  actúa  de  manera  extracelular,  uniéndose  a  un  receptor  de  membrana.  El receptor (una proteína transmembrana) sufre una modificación que activa la generación intracelular de un segundo mensajero, que se encarga de transducir la información de la hormona, iniciando una cascada de señales.
Acción del glucagón en la degradación intracelular de las reservas de glucógeno en el hígado.
El sistema se constituye por tres componentes proteicos diferentes que poseen una naturaleza modular: un receptor, un transductor (transformador de señales a través del efector) y un efector.


El GDP se une a la subunidad alfa y mientras sea así, la alfa tiene una estructura que le obliga a estar unidad a beta y gamma y éstas hacen que permanezca inactiva. Se cambia el GDP a GTP y cuando esto pasa, se liberan de gamma y beta y así gamma se activa. Más adelante gamma puede hidrolizar el GTP a GDP y se vuelve a unir a beta y gamma. Alfa cuando está activa se une a la proteína efectora (adenilato ciclasa), que transforma el ATP con AMPcíclico, que es el segundo mensajero, que desencadena una cascada de señales (por modificación enzimática) que en última estancia activara a la enzima que degrada el glucógeno glucógeno fosforilasa y además inhibe a la enzima que sintetiza el glucógeno, el glucógeno sintetasa.
Es un sistema modular y se puede intercambiar uno de los elementos para conseguir efectos distintos.
Para controlar la degradación del glucógeno de manera independiente sin cambiar todo el sistema, sólo hay que cambiar el receptor y la hormona. El resto de elementos es igual en los demás tejidos (músculo e hígado). El hígado tiene el receptor del glucagón pero no de la adrenalina, y en el músculo lo contrario, sí para la adrenalina y no para el glucagón.
La unión de la hormona a la superficie celular estimula la síntesis del segundo mensajero en el interior celular, lo que provoca la respuesta metabólica deseada.
La naturaleza modular del sistema aporta una gran flexibilidad al sistema.
La adrenalina emplea el mismo sistema que el glucagón para liberar glucosa a través de la degradación del glucógeno en las células musculares. Distintas hormonas/distintos receptores-­‐mismo mecanismo de acción. Se puede controlar la liberación de glucosa en un tejido u otro en función de la hormona que se genere y secrete.

Un mismo segundo mensajero puede ejercer efectos antagónicos en una misma célula (cAMP inhibe las enzimas encargadas de sintetizar glucógeno o glucogenoneogénesis y activa a las encargadas de degradar el glucógeno ya existente o glucogenolisis).

Existen  diversos  tipos de  segundos  mensajeros como  el  cAMP, fosfatidilinositol-­‐4,5-­‐ bisfosfato, los iones Ca2+...

Una misma hormona puede tener efectos diversos en varios tejidos en función de la naturaleza  de  las  proteínas  receptora  y  transductora  y  de  los  conjuntos  de  proteínas efectoras y segundos mensajeros en las células diana.




ATP y otros compuestos de “alta energía”

Reacción de oxidación glucosa: No deja de ser una reacción de combustión.
Si se produce demasiada energía, no se puede aprovechar y la energía se disipa en forma de calor. Si la producción de energía se hace poco a poco la energía se aprovecha y es por eso por lo que todo esto se hace de manera secuencial.
Así, en la oxidación metabólica de la glucosa, la energía se “aprovecha” al almacenarse en forma de energía química.
El ATP constituye la principal molécula de reserva e intercambio de esta energía química.
Permitirá que la célula lleve a cabo procesos como la contracción muscular, la generación y mantenimiento de gradientes, conducción de impulsos nerviosos...
Su “hidrólisis” exergónica estará acoplada a toda clase de procesos endergónicos celulares.
ATP à ADPà AMPà Adenosina (nucleósido de adenina)
Los colores distintos es por sus naturalezas distintas y así liberan diferentes cantidades de energía (31Kj mol los rojos y 14 los azules).
El ATP es el usado como moneda de cambio energético por convergencia evolutiva

Hidrólisis de ATP

Sólo dos enlaces fosfoanhidridos se pueden hidrolizar.
Molécula metaestable: inestable metabólicamente y estable cinéticamente
Los enlaces liberan mucha energía dado que son inestables los enlaces fosfoanhídridos.
·       Energía de resonancia. El ATP tiende a la hidrólisis dado que tiene más energía hidrolizado que no hidrolizado.
·       Repulsión cargas electroestática. La densidad de carga por superficie es mayor en el producto no hidrolizado que en el hidrolizado. Por tanto la hidrólisis lo que hace es aliviar esa situación de repulsión hidrostática y así el ATP tiende a la hidrólisis.
·       Energía de estabilización por solvatación. Estamos en un medio acuoso (la célula). Entre agua y el fósforo hay relaciones de enlaces de hidrógeno e interacciones carga-dipolo permanente. Hay tanta cantidad de grupos atómicos que al agua le cuesta poder solvatar efectivamente todas las cargas pero en el producto hidrólisis se alivia dado que el agua puede acercarse de manera más efectiva y realiza esas interacciones. Así la energía de estabilización por solvatación es mayor en el producto de hidrólisis que en el producto sin hidrolizar.
El ATP es una molécula metaestable por lo que solo hidrolizaría el ATP si hay un catalizador.
El AMP no se puede hidrolizar a fosfato y nucleósido de adenida. El último P no se hidroliza porque no es de interés ya que no liberaría la energía suficiente como para hacerla y así no se han hecho enzimas que lo catalicen.
Propiedades del ATP:
1)      Nada en especial frente a otros nucleósidos trifosfato.
2)      Los enlaces fosfoanhídrido poseen energía de hidrólisis de -30 kj/mol, aprox.
3)      Sin embargo, la molécula de ATP es estable. Su hidrólisis aunque muy exergónica es cinéticamente desfavorable.
4)      El enlace fosfodiester posee una energía de hidrólisis de tan sólo -14 kj/mol.

¿A qué se debe que los enlaces fosfoanhídrido del ATP posean esa energía de hidrólisis?
·       Estabilización por resonancia de estos enlaces es menor en el ATP que en la forma hidrolizada.
·       Repulsiones electrostáticas entre los grupos cargados son mayores en el ATP que en los productos de hidrólisis.
·       Menor energía de solvatación de los enlaces fosfoanhídridos del ATP que en los productos de hidrólisis.
Acoplamiento de la hidrólisis del ATP a reacciones endergónicas:
1)      No se produce una verdadera hidrólisis del ATP.
2)      Se produce la transferencia de un grupo fosfato, liberándose ADP, o de un grupo AMP, liberándose pirofosfato. 
3)      Sería más preciso hablar de energía de “transferencia de grupos fosfato” que de energía de hidrólisis.
Por otro lado, el ATP no es el compuesto cuya energía de hidrólisis es mayor. Dado que sino no se podría sintetizar ATP. Formas de síntesis de ATP: fotofosforilación y fosforilaciones a nivel de sustrato y fosforilación oxidativa.
La energía libre de los enlaces fosfoanhídridos de compuestos de alta energía como ATP, puede ser usada para conducir reacciones hacia el equlibrio incluso cuando los grupos fosforil no son transferidos a otros compuestos orgánicos. Por ejemplo, la hidrólisis del ATP provee la energía libre para la operación de las chaperonas, crontracción muscular y transporte transmembrana activo. En la siguiente imagen se ve la fosforilación de ADP por el fosfoenolpiruvato para formar piruvato y ATP. La reacción ha sido conceptualmente descompuesta en un paso de fosforilación directa y un paso en el cual ATP es hidrolizado. Ambas reacciones proceden en la dirección que hace la totalidad de la reacciones exergónica.  Esto es la fosforilación a nivel de sustrato.
Pirofosfatos inorgánicos catalizan la escisión de uniones adicionales fosfoanhídridas.
Aunque muchas reacciones pasan ATP a ADP y Pi, otras pasan a AMP y PPi (escisión de pirofosfato). En estos segundos casos, el PPi es rápidamente hidrolizado a 2Pi por una pirofosfatasa inorgánica así la producción de ATP finalmente consume dos enlaces fosfoanhídrido altamente energéticos. La unión de los aminoácidos a las moléculas de ARNt para la síntesis de proteínas es un ejemplo de este fenómeno. Los dos pasos de la principal reacción son reversibles porque las energías libres de la hidrólisis de las uniones son comparables a la hidrólisis de ATP. El total de la reacción  es conducida a la finalización por la hidrólisis irreversible de PPi
*LeChatelier hace que la reacción sea empujada a producir nuevo producto

Otros componentes fosforilados:

La posición de ATP en relación a la alta energía y la baja energía de los componentes fosfato: Los grupos fosoforil van desde los donadores de alta energía, vía el sistema de ATP-ADP, a aceptores de baja energía.
Estas reacciones son catalizadas por enzimas llamadas quinasas, que transfieren grupos desde el ATP a otros compuestos o desde componentes fosforilados a ADP.
Aquellos componentes cuyos potenciales de transferencia de un grupo fosfato son más grandes que el ATP, tienen efectos estabilizadores adicionales.




El alto potencial de transferencia de grupo fosforil de las fosfoguanidinas, las fosfocreatinas y las fosfoargininas, resultan de la competencia de resonancia en el grupo guanidino.

Consideraciones termodinámicas básicas y la relación entre rutas

Funciones de estado: Entalpía (H), Entropía (S) y Energía Libre de Gibbs (G).
  • Entalpía (H/ΔH): Es una medida del intercambio energético en todo proceso químico (por ejemplo, calor que se absorbe o desprende en una reacción que tiene lugar a presión constante).  Exotérmico/Endotérmico.
  • Entropía (S/ΔS): Es una medida del desorden/orden molecular que se genera en todo proceso químico. Segunda ley de la termodinámica indica que en todo sistema cerrado, la entropía (y por tanto, el desorden) aumenta.
  • Energía libre de Gibbs (G/ΔG): Es una medida del trabajo útil que puede generar cualquier proceso químico. Indica la direccionalidad del proceso. Exergónico/Endergónico. Sistema en equilibrio.
    • AG<0 à es espontánea de izda a dcha. Exergónico
    • AG>0 à no es espontánea de izda a dcha. Endergónico
    • AG=0 à equilibrio

Diferencias entre ΔG y ΔGº.
AGº es en condiciones estándar fisiológicas (P=1atm; T=25º; Concentración reactivos y productos = 1M; pH=7). Esto no se da siempre, por ejemplo, las concentraciones no son siempre 1M ni el pH7 (el torrente venoso es pH 7, 34 por el CO2 mientras que el torrente arterial es de 7,44).
¿Cómo lograr llevar a cabo un proceso endergónico?
El acoplamiento entre reacciones puede llevarse a cabo gracias a la aditividad de la energía libre de Gibbs.
Existen numerosas reacciones individuales en rutas catabólicas y anabólicas que, en principio, son endergónicas en el sentido en el que la célula requiere que se lleve a cabo.

Para que dos reacciones se puedan acoplar deben de estar asociadas de tal manera que entre ellas se forme un producto intermedio común.
*Fosforilar la glucosa se hace para activarla o para no dejarla salir.

La primera reacción es endergónica y por tanto no es termodinámicamente favorable. Por ello se la acopla a otra reacción, la degradación de ATP y da así la tercera reacción que es exergónica (16,7Kj/mol)

Relación entre rutas catabólicas y anabólicas:
1)      Una ruta anabólica no puede ser la mera inversión de la ruta catabólica correspondiente.
2)      Cada ruta debe ser globalmente exergónica (ΔG0´<<0) para que ésta vaya de manera espontánea en un sentido determinado irreversible. La ruta no debe de alcanzar el equilibrio.
Lo que no se puede pretender es que de una posición de equilibrio vaya en un sentido y luego cambie a otro. Cuando va en un sentido lo sigue.
3)      Si la ruta en globalmente exergónica, la inversión de la misma es endergónica en igual medida en condiciones idénticas.
4)      Es necesario controlar el consumo y flujo de los metabolitos en relación al estado bioenergético de la célula. Así, las condiciones que activan la ruta en un sentido, deben de inhibirla en el sentido contrario.
5)      Si se produjera la mera inversión, se llegaría a lo que se denomina ciclo inútil, en el que el único resultado es el consumo de ATP sin más. Además hay que tener en cuenta el uso de una enzima. Es la manera de no relacionar las rutas catabólicas con las anabólicas.
6)       No obstante a todo lo anterior, una ruta catabólica puede compartir una serie de reacciones, de metabolitos intermediarios y de enzimas con su ruta anabólica correspondiente. 
7)      El anterior punto implica que no todas las reacciones catalizadas por una enzima específica de la ruta serán irreversibles o exergónicas (ΔG0´<<0). Varias de estas enzimas podrán actuar próximas al equilibrio (AGº=0).
Vamos a poner de ejemplo la glucólisis:
A àBßàCàD
Cuando se activa una ruta metabólica suele ser porque hay mucho de algo de un lado del equilibrio (A) y poco de algo en el otro extremo del equilibrio (B). Todos estos pasos son enzimas que catalizan los pasos que se comparten con la gluconeogénesis, que es la inversa de la glucólisis (DàA).
8)      La clave para lograr la irreversibilidad de cada ruta es emplear una o varias enzimas que actúen lejos del equilibrio y que aporten un AGº global exergónico (<<0) en varios pasos clave de la ruta.
9)      Es por ello que aunque la ruta catabólica y su anabólica correspondiente pueden emplear varias enzimas comunes (aquellas que actúan próximas al equilibrio) es necesario que cada una de ellas posea también una serie de enzimas propias (aquellas que actúan lejos del equilibrio y le aportan direccionalidad global a la ruta).
10)   Además el uso de enzimas distintas en una serie de pasos clave permite que éstas puedan regularse de manera precisa. La enzima que activa una ruta, inhibe a la contraria y vicersa.
11)   El anterior proceso es lo que se denomina un “ciclo de sustrato” y a diferencia del ciclo inútil logra que cada ruta sea eficaz en la dirección en la que se requiere para que cumpla su función.
Todo esto se hace para el ahorro de enzimas. Si cada paso necesitase una enzima diferente y doblaría el número de enzimas y así alargaría el ADN y entonces éste estaría más expuesto a mutaciones.

Energía y nutrición

¿Cómo obtienen los organismos la energía necesaria para mantener sus estructuras y sus operaciones?
En la base de todo el proceso se encuentra la adquisición o generación de nutrientes (como la glucosa) que se emplearán como combustible orgánico en procesos rédox.
·       Organismos autótrofos: Aquellos capaces de generar a partir de CO2 y H2O, adquiridos del medio, moléculas orgánicas complejas. Nosotros no lo somos porque tenemos una enzima transforma piruvato a acCoA que pasa a CO2 con el ciclo de Krebs y esto es altamente irreversible.
·       Organismos heterótrofos: Aquellos que generan moléculas orgánicas complejas a partir de moléculas orgánicas sencillas que se adquieren por medio de la dieta.
·       Organismos quimiótrofos: Aquellos que adquieren la energía por medio del metabolismo de la oxidación de moléculas orgánicas (organótrofo) o inorgánicas (litótrofo).
·       Organismos fotótrofos: Aquellos que emplean la luz solar en orden a generar la energía que requieren para generar moléculas orgánicas complejas.
·       Organismos aerobios: Aquellos que emplean el O2 en los procesos de oxidación energética como aceptor último de electrones.

·       Organismos anaerobios: Aquellos que no emplean el O2 en los procesos de oxidación energética como aceptor último de electrones (estrictos, aereotolerante (ni le va ni le viene) o facultativos (levadura)).

Introducción a la Bioquímica Metabólica

Todo organismo vivo requiere de la generación y consumo de energía constantes para poder mantener sus estructuras celulares (ordenadas) frente a la tendencia termodinámica hacia el desorden. Además esta generación y consumo tiene que ser constante.
Muchas veces va en contra del segundo principio de la termodinámica, tendemos al orden y por tanto tenemos que generar y consumir constantemente energía. En este sentido los seres vivos constituyen sistemas termodinámicos alejados del equilibrio químico.
El metabolismo constituye el conjunto de reacciones químicas por las que los sistemas vivos adquieran y empleen la energía necesaria para llevar a cabo sus numerosas funciones.
Se acoplan aquellas reacciones exergónicas (espontáneas) de oxidación de los nutrientes (generar energía) a aquellos procesos endergónicos (no espontáneo) (invertir energía) requeridos para mantener con vida a la célula (trabajo mecánico, transporte activo de sustancias contra gradiente de concentración, biosíntesis de moléculas complejas…).
El metabolismo se divide en dos categorías principales: El Catabolismo y el Anabolismo.
·       Catabolismo: Conjunto de reacciones donde se degradan moléculas complejas en orden a generar energía.

·       Anabolismo: Conjunto de reacciones donde se emplea energía de cara a sintetizar moléculas complejas.

Tanto en los procesos catabólicos como los anabólicos podemos distinguir tres niveles distintos:
1)      Interconversión entre los biopolímeros y lípidos complejos e intermediarios monoméricos.
2)   Interconversión entre azúcares monoméricos, aminoácidos y lípidos más sencillos con intermediarios comunes sencillos (piruvato, acetil-Coa…).
3)  Interconversión entre intermediarios comunes sencillos y metabolitos inorgánicos (CO2, H2O y NH3).
Ruta metabólica: Conjunto de reacciones químicas ordenadas (secuenciales) capaces de procesar uno o varios compuestos químicos de naturaleza común con un alto rendimiento y que son posibles gracias a la existencia de una serie de enzimas específicas.

·       Metabolismo intermedio: Conjunto de rutas metabólicas cuyo fin es la generación de energía o el uso de ésta con el fin de generar moléculas complejas (catabolismo/ anabolismo).
* Si no comemos, primero degradamos azúcares (hay almacenados para hasta 48h). Si durante dos días seguimos sin comer, empezamos a quemar grasas y si esto continúa, quemamos proteínas. Nunca quemamos ácidos nucleicos.
·       Metabolismo energético: Conjunto de rutas metabólicas cuyo fin es la generación de energía (catabolismo).